Bağışıklık sisteminin işgalci olarak algılayıp savaşmak için antikorlar üretmesine neden olan vücuttaki yabancı maddelere antijen denir.

Zehirler, bakteriler, yabancı kan hücreleri, nakledilen organ hücreleri antijen olabilir. Diğer antijenler genelde normal proteinlerdir ve örneğin lupus hastalarının bağışıklık sistemi tarafından hedef alınan normal proteinler böyledir. Lupus hastalarında genetik ve çevresel faktörlerden d olayı vücut bu otoantijen denen maddelerin varlığını kabul etmez.