Ağız kokusunun yüzde 10’u sistemik hastalıklardan kaynaklanır. Bunlar mide bağırsak hastalıkları, karaciğer hastalıkları, bazı böbrek hastalıklarıdır. Şeker hastalığı ağız kokusu konusunda sistemik hastalıkların başında gelir.

Bazı ilaç kullanımları da ağız kokusuna yol açar. Bunlar antidepresan ilaçları ve kanser ilaçlarıdır.
Şeker hastalığı tükürük bezlerini etkiler. Bundan dolayı ağızdaki tükürük lifleri azalır ve ağızda aseton şeklinde bir ağız kokusu meydana gelir. Tedavi edilemeyen bazı böbrek hastalıkları da kadavra kokusu, yani amin kokusu şeklinde bir kokuya neden olabilir.

Üçüncü olarak kullanılan antidepresan ve kanser ilaçları da tükürük bezlerini direkt etkilediği için ağızda yeterince tükürük olmaz. Bu da ağızda kokuya ve bazı ağız hastalıklarına neden olur.