Bağışıklık sistemi hastalıkları, vücudun bağışıklık sisteminin düzgün şekilde işlemediği tıbbi durumlardır. Çeşitli farklı bağışıklık sistemi hastalıkları türü vardır ve birçoğunun belirtileri aynı olabilir, bunlar kesin teşhis edinmek için doktora gitmeyi önemli hale getirebilir. En yaygın bağışıklık sistemi hastalıklarından bazıları tip 1 diyabet, lupus eritematoz, çoklu skleroz ve çölyak hastalığıdır.

Tip 1 en yaygın bağışıklık sistemi hastalıklarından biridir. Bu durum, pankreas insülin diye bilinen hormondan yeterince üretilemediğinde meydana gelir ve bu, vücudun kan şekeri düzeylerini uygun olarak düzenleme yeteneğini etkiler. Belirtiler çeşitli derecelerde yorgunluk, aşırı açlık veya susuzluk, istemsiz kilo kaybını içerebilir. Bazı hastalarda görme sorunları, özellikle ayaklarda uyuşukluk veya karıncalanma meydana gelebilir. Tedavi, kan şeker düzeylerini sağlıklı bir seviyede tutmak için beslenme değişikliklerini ve reçeteli ilaç kullanımını kapsayabilir.

Lupus eritematoz en yaygın bağışıklık sistemi hastalıklarından başka bir tanesidir. Bu hastalık her hasta için geniş ölçüde çeşitlilik gösterir veya o kadar şiddetli hale gelebilir ki vücudun iç organlarına hasara bağlı olarak ölüm gerçekleşebilir.  Bazı yaygın belirtiler yorgunluk, saç dökülmesi ve gün ışığına karşı duyarlılıktır. Bazı hastalarda burun kemeri boyunca ve gözlerin altında kelebeğe benzer bir döküntü meydana gelebilir. Bu hastalığı tedavi etmek için genelde reçeteli ilaçlar ve yaşam tarzı değişiklikleri kullanılır.

Yaygın başka bir bağışıklık sistemi hastalığı çoklu skleroz olarak bilinir. Bu durum vücut, özellikle beyin ve omurilik sinirlerinin, üzerindeki koruyucu kaplamaya hasar verir. Bu durum hafif veya ciddi ölçüde zayıflatıcı olabilir ve belirtiler tahmin edilemeyen bir tarzda sık sık gelip gider. Bazı kişiler yürürken sorun yaşayabilir ve en azından ara sıra tekerlekli sandalye gibi destekleyici bir cihaz kullanma ihtiyacı duyabilirler.

Çölyak hastalığı da bağışıklık sistemi hastalıkları arasında yaygındır. Bu hastalık bağırsakların dokusunda hasara yol açarak karın ağrısı, kabızlık ve laktoz intoleransına neden olabilir. Yorgunluk, kas ağrısı ve kolayca çürük oluşması da bu hastalığın belirtileri olabilir. Birçok kişi buğday, arpa ve çavdarda bulunan protein olan glutenin günlük tüketimini ortadan kaldırdığında bu belirtilerin kayda değer ölçüde hafiflediğini fark ederler.