Pamukçuk ilk başlarda çok basit bir hastalık olarak da seyredebilir. Ama sık antibiyotik kullanan çocuklarda tedavisi güç bir hastalık olarak da görülebilmektedir. Sık antibiyotik kullanan çocuklarda, persister denilen inatçı bir hal almakta ve tedaviye kolay yanıt vermeyen bir hastalık olarak da ortaya çıkabilmektedir. Bu durumda pamukçuk tedavisi daha zor hale gelir. Tedaviyi güçleştiren bir diğer durum da pamukçuğun anneye bulaşmasıdır. Tedavide basit mantar ilaçları, lokal antiseptik violet de jansiyen denilen ve hazırlanan bir sıvı kullanılabilmektedir. Yanlış bir şey yapılması, tedavideki başarısızlığı da beraberinde getirmektedir. Bu yanlışlardan birincisi karbonat kullanımıdır ve tedaviyi kötü yönde etkiler. Tedaviyi kötü yönde etkileyen bir diğer faktör, lezyonların kazınmasıdır.

Anne de enfeksiyon olması da yine tedaviyi kötü yönde etkilemektedir. Bebeğin ağzındaki pamukçuk için uygulanan ilaçlar, aynı zaman dilimi içinde, annenin göğsü için de uygulanır. Yani hem bebeğin ağzını hem de annenin göğsünü aynı anda tedavi ederek enfeksiyon tamamen ortadan kaldırıldığında, tedavi bitmiş kabul edilir. Bebekten doğduktan sonra beslenmeye geç başlamışsa, bu da pamukçuk riskini arttıran bir faktördür. Genellikle pamukçuk 1 yaşına kadar olan bebeklerde görülür. Fakat 1 yaşından sonra da çocuklarda görülebilmektedir. Eğer daha büyük çocuklarda pamukçuk varsa ve uzun süre devam ediyorsa, uygulanan tedavilere rağmen iyileşme sağlanamıyorsa, altta yatan başka nedenler aranmalıdır. Bunlar bağışıklık sisteminin iyi çalışmaması, şeker hastalığı olması gibi nedenler olabilir. Ya da bebek herhangi bir hastalığından dolayı kemoterapi görüyorsa, bu da mantar enfeksiyonu riskini arttırır. Bu çocuklarda bu mantar çok ağır akciğer enfeksiyonlarına yol açabilir. Ayrıca bu mantarın kana karışarak daha ağır hastalıklara neden olma ihtimali de oldukça yüksektir.