Sünnetin, genital bölgenin hijyenine, temizliğine, mikropların, hastalıkların bulaşmasına katkısının olup olmadığı yüzyıllardır tartışılan bir konudur. Ancak, bu konuda ve özellikle Batı Dünyasında yapılan bilimsel araştırmalar, sünnetli olmanın gerek cinsel yolla bulaşan hastalıkları gerekse penise ait enfeksiyon hastalıklarını önemli ölçüde azalttığını göstermiştir. Sünnetli olmayan yani sünnet derisi olan ve cinsel hayatı olan, ergenlik döneminden sonraki bir erkekte sünnet derisinin içinden salgılanan birtakım kayganlaştırıcı salgı maddeleri peniste, sünnet derisinin altında kalacağı için çok düzenli bir şekilde her gün belki birkaç kez sünnet derisini geri çekip temizlemek gerekecektir. Oysa kişi sünnetli olduğunda, penisin baş kısmı doğrudan dış havayla temas ettiği ve kapalı bir ortam kalmadığı için hem temizlik daha kolay olacak hem de cinsel yolla bulaşan hastalıklar ve enfeksiyon hastalıkları daha az oranda görülecektir.