Böbrek taşlarının oluşum mekanizmalarına bakıldığı zaman, asıl olarak iki nedenden kaynaklandığı görülür. Bunlardan bir tanesi, alınan gıdaların bir kısmının fazlalığı ya da bu gıdaları parçalayacak enzimlerin doğuştan olmamasıdır.
Bir diğer neden ise, üriner sistem denilen idrar yollarındaki anatominin bozuk olmasıdır. Bu bozukluktan dolayı, aslında çok küçük parçalar halinde, kum şeklinde atılması gereken parçalar atılamaz ve böbrek taşı oluşumuna yol açar.
Sindirim sistemi hastalıkları, özellikle bağırsakta bir sorun olması ya da sıkça idrar yolu enfeksiyonu geçirilmesi böbrek taşları oluşumuna neden olur. Bunun yanı sıra, AIDS hastalığında kullanılan ilaçlar da böbrek taşı oluşumuna yol açabilmektedir.

Böbrek taşı oluşumunda diğer etmenler

Fosfatın, kalsiyumun, oksalatın ve bunları içeren besinlerin fazla alınması, çok fazla vitamin kullanılması, koruyucu madde içeren ürünlerin çok sık tüketilmesi böbrek taşlarına neden olur. Fazla alkol alınmasıyla böbrek taşları arasında ise bir ilişki yoktur.
Böbrek taşlarının oluşumunda genetik ve ailesel faktörler ve bunların yanı sıra diyet ve beslenme alışkanlıkları rol oynadığı için taşın tedavisinden sonra yeniden böbrek taşı oluşması mümkündür. Özellikle de bir kez taş düşürmüş olanların ikinci kez düşürme olasılıkları oldukça yüksektir.