Böbrek taşı olan hastalara öncelikle ilaç tedavisi uygulanır. Çok küçük taşlarda, ilaç tedavisiyle birlikte bol sıvı tüketimi ve hareket önerilir. Sedanter denilen masa başı hareketsiz yaşamdan, daha çok egzersiz içeren bir yaşama geçilmesi gerekir.
Daha büyük taşlarda, üreteroskopi denilen yöntemle alt bölgeden endoskopik olarak girilerek, taşlar lazerle kırılır. Bu, üreter taşlarında uygulanan bir yöntemdir.
Fakat son zamanlarda, böbrek taşlarının da alt bölgeden girilerek retrograt denilen daha esnek aletlerle böbreğe kadar girilerek kırılması ve küçük parçalar halinde vücut dışına alınması mümkün hale gelmiştir.

Ameliyat gerektiren durumlar

Böbreğin içerisinde bulunan ve 2-3 santimden daha büyük olan taşlar için perkütan denilen, anestezi altında vücuda dışarıdan bir boruyla girilerek taşın böbrek içerisinde kırılması ve küçük parçalar halinde dışarıya alınmasına olanak veren bir yöntem vardır.
Böbrek ya da üreter taşları eğer kapalı yöntemle tedavi edilemiyorsa ve böbrekte genişlemeye yol açıyorsa, hasta tek böbrekliyse ve böbreğinde taş varsa, bu durum idrar akımını engelliyorsa, açık ameliyat mutlaka başvurulması gereken bir yöntem haline gelir. Açık ameliyatlar bazen de böbreği tamamen dolduran büyük taşlarda uygulanır.
Genellikle böbreğin toplayıcı sistemine, büyük havuzcuk denilen pelvis kısmına yapılan bir kesiyle küçük parçacıklar ya da kalikstine dağılmış taşlar alınabilmektedir. Ancak tüm toplayıcı sistemi dolduran taşlarda, böbreğin sırt kısmından yapılan bir kesiyle böbrek ikiye ayrılarak fakat damar kontrolü de yapılarak tüm taşlar tek bir seferde alınabilir.