Hassas bağırsak sendromunun sebebi belli olmadığından tedavi, hastanın mümkün olduğunca normal bir şekilde yaşayabilmesi için belirtilerin azaltılmasına odaklanır.

Birçok durumda, stresi kontrol etmeyi öğrenerek ve beslenme ve hayat tarzınızda değişiklikler yaparak hassas bağırsak sendromunun hafif belirtilerini başarıyla kontrol altında tutabilirsiniz. Ama eğer sorunlarınız orta ya da ciddi düzeydeyse, hayat tarzınızda değişiklik yapmaktan fazlasına ihtiyacınız olabilir. Doktorunuz şunları önerebilir:

• Lif takviyeleri. Pisilyum (Metamucil) ya da metil selüloz (Citrucel) gibi lif takviyelerini sıvıyla beraber almak kabızlığı kontrol etmeye yarayabilir.
• Antidiyareik ilaçlar. Loperamide (Imodium) gibi reçetesiz ilaçlar ishali kontrol etmeye yarayabilir.
• Yükse dozda gaz içeren besinleri tüketmemek. Eğer rahatsız edici bir şişkinliğiniz varsa ya da çok miktarda gaz çıkarıyorsanız, doktorunuz gazlı içecekleri, salatayı, çiğ meyve ve sebzeleri (özellikle lahana, brokoli ve karnabahar) kesmenizi önerebilir.
• Antikolinerjik ilaçlar. Bazı kişiler, ağrılı bağırsak spazmlarını hafifletmek için otonom sinir sisteminin bazı aktivitelerini etkileyen ilaçlara (antikolinerjikler) gereksinim duyabilir. Bunlar ishal nöbetleri olan kişiler için yararlı olabilir, ama kabızlığı kötüleştirebilir.
• Antidepresanlar. Eğer belitileriniz arasında ağrı ve depresyon varsa, doktorunuz trisiklik bir antidepresan  ya da seçici serotonin geri alım engelleyici (SSRI) sınıfından bir antidepresan önerebilir. Bu ilaçlar depresyonu azaltmanın yanı sıra bağırsakları kontrol eden nöronların faaliyetlerini önlemeye yarar. Eğer ishal ve karın ağrınız varsa, ama depresyonunuz yoksa doktorunuz imipramin (Tofranil) ve amitriptilin gibi trisiklik antidepresanları normal dozdan daha düşük bir dozda önerebilir. Bu ilaçların yan etkileri uykulu olma ve kabızlıktır. Eğer depresyon, ağrı ve kabızlık varsa, Fluoksetin (Prozac, Sarafem) ya da paroksetin (Paxil) gibi SSRI sınıfından olan antidepresanlar yararlı olabilir.
• Antibiyotikler. Antibiyotiklerin İBS tedavisinde nasıl bir rol oynuyor olabileceği belirsizdir. Belirtileri, bağırsaklarındaki bakterilerin aşırı çoğalmasından kaynaklanan bazı kişiler antibiyotik tedavisinden fayda görebilir. Ama bu konuda daha fazla araştırma gereklidir.
• Psikolojik danışmanlık almak. Eğer antidepresanlar işe yaramazsa ve yaşadığınız stres belirtilerinizi kötüleştiriyorsa, psikolojik destek alarak daha iyi sonuçlar elde edebilirsiniz.