Hassas bağırsak sendromuna tam olarak neyin sebep olduğu bilinmemektedir. Bağırsak duvarları kas katmanlarıyla kaplıdır. Bu kas tabakaları eşgüdümlü bir ritimle kasılıp gevşeyerek besinlerin mideden sindirim borusuna ve oradan rektuma hareketini sağlar. Eğer hassas bağırsak sendromunuz varsa, kasılmalar daha kuvvetli olabilir ve normalden daha uzun sürebilir. Besinler bağırsaklardan daha hızlı geçmeye zorlanır ve gaza, şişkinliğe ve ishale sebep olur.

Bazı durumlarda bunun tersi olur. Besinlerin geçişi yavaşlar ve dışkı sertleşip kurur. Ayrıca sinir sistemindeki ya da kolondaki anormallikler de bir rol oynayabilir ve karnınız gazdan gerildiğinde normalden daha büyük bir rahatsızlık hissetmenize sebep olur.

İBS’yi tetikleyen bazı şeyler bazı kişileri rahatsız ederken bazılarını etmeyebilir. Eğer İBS’niz varsa, muhtemelen diğer insanları rahatsız etmeyen uyarıcılara kuvvetli reaksiyon gösterirsiniz. Bunun sebepleri hala belli değildir. İBS’yi tetikleyen şeyler, bağırsaklarda gaz ya da baskı, belli besinler, ilaçlar ya da bazı duygular olabilir. Örneğin: 

• Besinler. Birçok kişi bazı besinleri tükettiği zaman belirti ve semptomlarının kötüleştiğini görür. Örneğin, çikolata, süt ve alkol kabızlığa ya da ishale neden olabilir. Gazlı içecekler ve bazı meyvelerle sebzeler İBS’li bazı kişilerde şişkinliğe ve rahatsızlığa yol açabilir. Hassas bağırsak sendromunda besin alerjisinin ya da intoleransının rolü henüz açıkça anlaşılamamıştır.

Çoğunlukla süt ürünleri, kafeinli besinler ya da şekersiz çiklet ve şeker tükettikten sonra kramp ve şişkinlik yaşıyorsanız, sorun hassas bağırsak sendromu olmayabilir. O zaman vücudunuz süt ürünlerindeki şekeri (laktoz), kafeini ya da diğer yapay tatlandırıcıları tolere edemiyor demektir.

• Stres. Eğer İBS’li birçok kişi gibiyseniz, günlük işlerinizin değişmesi ya da aile kavgaları gibi stresli olaylarda, muhtemelen belirtilerinizin kötüleştiğini ya da daha sıklaştığını fark edersiniz. Ama stres belirtileri kötüleştirse de, onlara sebep olmaz.
• Hormonlar. Kadınların İBS’ye yakalanma olasılığı erkeklerin iki katı olduğundan, araştırmacılar bu durumda hormonal değişikliklerin rol oynadığına inanırlar. Çoğu kadın adet dönemleri sırasında ya da yakınında belirtilerin kötüleştiğini görür.
• Diğer hastalıklar. Bazen akut enfekte ishal epizodu (mide ve bağırsak iltihabı) gibi bir başka hastalık İBS’yi tetikleyebilir.