Mezoterapide uygulanan yöntem, cildin orta tabakası olan dermis tabakasına çok küçük iğnelerle ilaç verilmesidir. Bu iğneler 6 milimetre uzunluğunda ve çok ince iğnelerdir. Dolayısıyla bu yöntemde ağrı hissetmek, kişiden kişiye değişen bir durumdur. Yani kişinin ağrı eşiğiyle ilgilidir. Bazı kişiler bu tedaviyi sinek ısırığı gibi hissettiklerini söylerken, bazıları hafif bir ağrı ve acı hissedebilmektedirler. 

Mezoterapi öncesinde anestezik topikal bir krem uygulanır. Bu krem ağrısının daha az hissedilmesine yardımcı olur. Ağrı eşiği çok düşük olan kişilerde, işlem sırasında buz uygulaması da yapılabilmektedir. Bu yöntem sonuç itibariyle bir enjeksiyon yöntemi olduğu için, işlemden sonra kanama ve morarma gibi yan etkiler söz konusu olabilmektedir.

Bunların dışında leke, şişlik gibi yan etkiler görülmez. Sadece seanstan sonra 15 dakika kadar süren bir kızarıklık ve en fazla iki-üç gün süren morluklar olabilmektedir.