Saç ekimi ameliyatı normalde eğitimli ve deneyimli bir doktor tarafından uygulandığında güvenli bir yöntemdir. Yine de insanların fiziksel reaksiyonları ve iyileşme süreçleri farklıdır, ameliyatın sonucu hiçbir zaman tam olarak tahmin edilemez.

Diğer bütün cerrahi müdahalelerde olduğu gibi, enfeksiyon ortaya çıkabilir. Aşırı kanama ve/veya gerginlik nedeniyle oluşan gerilme yara izleri olarak da adlandırılan büyük yara izleri saç derisi küçültme işlemlerine bağlı olarak ortaya çıkabilir.

Nakil işlemlerinde, bazı greftlerin tutmama riski vardır. Dolguların içerisindeki saçların tekrar büyümeden önce dökülmesi normal olsa da bazen deri dolgusu ölür ve ameliyatın tekrarlanması gerekir. Bazen dolgu greftli hastalar saç derisinde nakil bölgesinde hafif bir şişlik fark edebilir. Bu alanlar çevredeki saçlarla kamufle edilebilir.

Ameliyatın ardından saç kaybı devam ederse, özellikle yeni ekilen saçlar incelen bölgelerin yakınındaysa, doğal olmayan ve yamalı bir görüntü oluşabilir. Eğer bu gerçekleşirse, ek bir cerrahi müdahale gerekli olabilir.