Saman nezlesinin en çok karıştırıldığı hastalıklar, tekrarlayan viral üst solunum yolu enfeksiyonlarıdır. Özellikle yuvaya giden çocuklarda, ayda bir defadan fazla viral üst solunum yolu enfeksiyonu görülür.

Bu enfeksiyonlar hapşırık atakları, burun kaşıntısı ve burun akıntısı gibi belirtiler verir. Bu belirtiler saman nezlesinde de görüldüğü ve sık sık tekrarladığı için de, saman nezlesiyle karıştırılabilir.

Vazomotor rinit denilen bir tür sinirsel rinit vardır. Sinirsel mekanizmalarla ortaya çıkan bu rinit de saman nezlesi ile karıştırılabilir.