Yeni doğan sünnetinin yapılmamasını gerektiren kimi durumlar vardır. Bunlar bebeğin genel durumuyla ilgilidir. Zaten bu nedenle, yeni doğan sünneti, bebekler doğar doğmaz yapılmaz. Bebeğin genel durumunun gidişatını anlayabilmek açısından 24 saat beklenir. Bu 24 saatten sonra eğer bebeğin durumu sünnete elverişli değilse, solunum sorunu ya da herhangi bir başka sorunu varsa, bu koşullarda sünneti ertelemek gerekir. İkinci olarak, bazen bebeğin yeni doğan sarılığı olur. Bu sarılıklar bazen fototerapi, bazen de kan değişimi gerektirebilir.

Eğer bebek böyle bir tabloya sahipse, ille sünnet olması gerekir diye bir şey söz konusu olamaz. Bebeğin kanama ve pıhtılaşma süresiyle ilgili sorunları olabilir. Bu koşullarda da sünnet ertelenir. Bunların yanı sıra yeni doğanın pipisinin yapısıyla ilgili kimi sorunlar da olabilir. Peygamber sünneti ya da hipospadias denilen ve sünnet derinsinin bir yama olarak kullanılması gereken, ameliyatın böyle yapılabileceği hastalıklar vardır. Bu durumda da yeni doğan sünnetini yapmamak gerekir.