Aftın nedenleri arasında genetik faktörler sayılabilir. Bunun yanı sıra bazı kan hastalıkları, bağışıklık sistemi hastalıkları afta neden olabilir.

Aft Behçet hastalığının bir belirtisi olarak ortaya çıkabilir. Behçet hastalığı zaten kendini aftla belli ettiği için, hastanın durumunu bu yönden araştırmak çok önemlidir.

Bunların dışında vitamin eksiklikleri, kansızlıklar afta neden olabilir. Bazen uçuk virüsü de aft nedeni olabilir.
Travmalar ve bazı gıdalar aftı tetikleyebilir. Özellikle sert diş fırçalarının kullanılması, dilin ısırılması aftı başlatabilir.

Afta neden olan en önemli faktör, Behçet hastalığıdır.