Bebeklerde reflü normal kabul edilir. Ancak bu reflü bazı komplikasyonlara yol açarsa, o zaman hastalık olarak değerlendirilir. Bu komplikasyonlar, bebeğin çok sık kusması ve bu nedenle yeterli büyümeyi gösterememesi, kilo alamamasıdır. Yanı sıra, midenin asitli içeriğinin sindirim borusuna, oradan da solunum yoluna kaçarak zatürreelere, sık tekrarlayan bronşitlere yol açmasıdır. Bebeklerde sık tekrarlayan orta kulak enfeksiyonları, sık tekrarlayan solunum yolu enfeksiyonları, bunların hırıltılara yol açması da yine komplikasyonlar arasındadır. Hatta bazen astım hastalığı ile bile karışabilmektedir. Bebekte, sindirim borusunun alt tarafında olan kanamalar, demir eksikliğine bağlı bir kansızlığa yol açabilmektedir. Bebek yaşına uygun bir gelişme ve büyüme gösteremeyebilmektedir. Sonuçta, bu tip komplikasyonlara da yol açabildiği için, anne ve babalar bebeklerinde reflüden kuşkulandıkları zaman mutlaka doktorlarına başvurmalı, gerekli önlemleri ve ihtiyaç halinde ilaç tedavisi almalıdırlar.