Hastalığın viral olma ihtimali vardır ama en fazla üzerinde durulan, otoimmün hastalık olarak tarif edilen, vücudun kendi bağışıklık sistemiyle ilgili bir hastalık olmasıdır.
 
Özetle vücudun bağışıklık sistemi, yani dışarıdaki etkenlere karşı vücudu koruyan sistem, vücudun kendine ait, özellikle damar dokusuna ait şeyleri yabancı bir dış düşman gibi, vücuda zararlı bir şey gibi algılar. Buna karşı bir takım uygulamalarda bulunur. Bazen bir mikroba saldırır gibi saldırılarda bulunabilir.
 
Bunun düzeyi, şiddeti ve derecesi kişiden kişiye değişir. Uygulama bölgeleri de kişiden kişiye değişir. Fakat vücudu yabancı bir organizma gibi algıladığı için, kendi kendine zarar veren bir seyir görülür.
 
Behçet hastalığında özel bir neden tanımlanamamaktadır. Bir süreç bir şekilde başlamakta ve sürecin devamı herkeste aynı şekilde görülmektedir. Nedenler tam netleşemediği için tedavi de tam netleşmiş değildir. Dolayısıyla kişiden kişiye değişkenlik gösteren bir tedavi sistemine sahiptir.