Boğaz yanmasına sebep olan bir sürü hastalık ve durum vardır; bazıları enfeksiyondan bazılarıysa vücuttaki asitten kaynaklanır. Genelde tıkanıklık ve baş ağrısı gibi başka belirtilerle tanınamayan bir dizi bakteriyel ve viral enfeksiyon boğazda tahriş ve yanmaya neden olabilir. Midenin mide asidi gibi bazı içeriklerinin ve başka katı ya da sıvıların özofagusa (yemek borusuna) geri akmasıyla oluşan asit reflü de boğaz yanmasına neden olabilir. Yanma hissi boğaza fiziksel bir darbeden kaynaklanabileceği gibi, sert ya da aşırı sıcak bir şey yutulduğunda da meydana gelebilir.

Mide ekşimesi boğaz yanmasının en yaygın sebeplerinden biridir. Mide ekşimesi, midenin içeriği özofagusa geri aktığında, göğüs ve boğazda yanma hissi ve rahatsızlık oluşturduğunda meydana gelir. Bu belirtileri tetikleyebilecek birçok değişik yiyecek vardır, örneğin alkol, nane, narenciye meyveleri ve suları, domates. Mide ekşimesi antiasitler, proton pompa inhibitörleri, H2 antagonistleri ve promotilite ajanları gibi reçetesiz ilaçların kullanılmasıyla genelde tedavi edilebilir. Antiasitler, boğaz yanmasına neden olan asidi hızlı şekilde etkisiz hale getiren genelde basit maddelerdir, diğerleriyse zamanla genel rahatlama sağlayan yavaş etki eden maddelerdir.

Antiasitler boğaz yanmasıyla ilişkili rahatsızlığı geçirmede çok etkili olmalarına rağmen aslında daha önemli bir sorunu maskeleyebilirler. Belli bazı yiyecek türlerinden sadece aşırı yemek bile ara sıra mide ekşimesine neden olabilir ama kalıcı mide ekşimesi daha önemli bir hastalıktan kaynaklanabilir. Asit reflü hastalığı olarak bilinen gastoözofageal reflü hastalığı kalıcı mide ekşimesine ve boğaz yanmasına neden olabilir. Ama ara sıra olan mide ekşimesinden daha ciddidir çünkü boğaz yanması gibi tatsız belirtilerin yanı sıra özofagusa fiziksel hasara da neden olabilir. Mide asidine sık sık maruz kalmak özofagusa ciddi zarar verebilir.

Bakteriyel ve viral enfeksiyonlar boğaz yanması gibi birçok değişik boğaz ağrısına neden olabilir. Bu enfeksiyonlar genelde daha genel bir boğaz ağrısına neden olur ama gerçek bir yanma hissi nadirdir. Boğaz yanmasına öksürük, tıkanıklık, baş ağrısı veya başka grip benzeri belirtiler eşlik ediyorsa muhtemelen bir tür enfeksiyonun boğazda tahrişe neden oluyordur. Boğaz ağrısına enfeksiyon neden olduğunda keskin bir ağrı, kaşıntı veya tahriş yaşamak daha yaygındır. Gerçek bir yanma hissi genelde daha yaygın olarak mide sorunlarından kaynaklanır.