Gastrik Bypass ameliyatı yapılacak hastaların seçiminde, tüm dünyada Amerikan Obezite ve Metabolizma Cerrahı Derneği’nin koymuş olduğu kurallar göz önünde bulundurulur. Bu kurallar ülkemiz için de geçerlidir. Bu kurallardan ilki, kişinin vücut kitle endeksinin 40 kilogram bölü metrekarenin üzerinde olmasıdır. Ya da vücut kitle indeksi 35 kilogram bölü metrekarenin üzerinde olmakla birlikte, tansiyon yüksekliği, uyku hastalığı, uyku apne sendromu gibi yandaş hastalıklarla birlikte bulunmasıdır.

Diğer endikasyonları ise hastanın yaşının 18 ila 60 yaş arasında bulunması ve kronik alkol ya da uyuşturucu bağımlısı olmamasıdır. Yanı sıra, ameliyat olabilmesi için, anestezi açısından ameliyat olmasına engel olmayacak bir durumun olmasıdır.