Hipotalamus oldukça önemli bir organdır. Hipotalamusu hipofizle birlikte beynin orkestra şefi olarak nitelendirmek mümkündür. Birçok organın çalışması ve insanların cinsiyeti bu organla ilgilidir. Kadınların aylık periyotlarının tamamlanması ve hamile kalmaları ya da kalamamaları, çocuğun sütünü emmesi, emememesi, süt yapımı gibi bütün fonksiyonlar burayla ilişkilidir. Hipotalamus beynin hemen hemen her tarafına götürücü sinirler gönderir.

Hipotalamus aynı zamanda vücudun ısı ayarlama merkezidir, termostat görevini görür. Burada nörohümoral denilen, yani sinirle hormonların entegrasyonu, kan sistemi çok özel bir yapıdır. Hipotalamusu beyindeki en küçük ve en önemli yer olarak olarak nitelendirmek mümkündür.

Hipotalamus görme sisteminin hemen üstünde bulunur. Tiroit bezinin çalışmasından böbreküstü bezin çalışmasına kadar birçok hormonun salınmasını ve fazla salınırsa azaltılmasını, az salınırsa arttırılmasını sağlayan, uyarıcı ve baskılayıcı fonksiyonları olan çok önemli bir organdır.