Kanal tedavisi, sanıldığı ve korkulduğu gibi ağrılı bir tedavi yöntemi değildir. Çünkü lokal anestezi altında yapılır.

Ancak akut apseli durumlarda, dişin çok iltihaplı olması halinde, oradaki pH’nin değişmesine bağlı olarak diş içindeki sinirler uyuşmayabilir. Bu durumda antibiyotik tedavisi ya da başka ajanlar kullanılarak bir süre pH’nin değişmesi beklenebilir. Bundan sonra yapılacak olan tedaviler tamamen ağrısız ve acısızdır.

Tedaviden sonraki ilk 24 saat içinde bir miktar rahatsızlık hissedilebilir. Yanma, kaşınma ve hafif bir ağrının olması normaldir. Bu durumda hastanın ağrı kesici alması tavsiye edilir.