Laktoz duyarlılığı, ince bağırsakta salgılanan laktoz enziminin düşük seviyede olmasının bir sonucudur ve bu da şikayetlere yol açar.

Normalde ince bağırsağın astarını oluşturan hücreler laktoz enzimini salgılar. Laktoz enzimi tükettiğimiz gıdalardaki laktoz moleküllerine tutunur ve bu molekülleri glikoz ve galaktoz olmak üzere iki basit şekere ayırır. Bu şekerler daha sonra kana karışır.

Vücutta yeterli miktarda laktoz enziminin bulunmaması durumunda, alınan gıdalardaki laktozun çoğu işlenmeden kalın bağırsağa ilerler ve burada bağırsak bakterileri ile etkileşime girer. Bu da gaz, karında şişlik ve ishal gibi laktoz duyarlılığı belirtilerinin ortaya çıkmasına neden olur.

Laktoz duyarlılığının üç farklı türü bulunmaktadır.

Bazı kişilerde yaşlanmanın doğal bir sonucu (birincil laktoz duyarlılığı)

Normalde vücudunuz doğumda ve çocukluk yılları boyunca sütün ana besin kaynağı olması nedeniyle büyük miktarlarda laktoz üretir. Laktoz üretimi genellikle beslenmeniz değişmeye ve daha az süt tüketmeye başladıkça azaltır. Bu aşamalı düşüş laktoz duyarlılığı belirtilerine yol açabilir.

Hastalıkların veya yaralanmaların sonucu (ikincil laktoz duyarlılığı)

Bu tür laktoz duyarlılığı, ince bağırsağı etkileyen bir hastalık, ameliyat veya yaralanma sonucu ince bağırsaktaki laktoz üretiminin azalması sonucu ortaya çıkar. İkincil laktoz duyarlılığı çölyak hastalığı ve mide-bağırsak iltihabı gibi bağırsak rahatsızlıkları ve Crohn hastalığı gibi iltihaplı bağırsak rahatsızlıkları nedeni ile ortaya çıkabilir. Laktoz duyarlılığına neden olan hastalıkların tedavileri laktoz seviyesinin düzenlenmesine ve belirtilerin iyileştirilmesine yardımcı olabilir. Buna karşılık bu durum zaman alabilir. 

Doğuştan gelen bir durum (ırsi laktoz duyarlılığı)

Bebeklerin, vücudun laktoz aktivitelerinden tamamen yoksun olması sonucu ortaya çıkan laktoz duyarlılığı ile dünyaya gelmesi oldukça nadir olarak görülür; fakat olası bir durumdur. Rahatsızlık, otozomal çekinik adı verilen kalıtsal bir motif ile nesilden nesle aktarılır. Bu durum, çocuğun etkilenebilmesi için hem anne hem de babanın çocuğa kusurlu bir gen aktardığı anlamına gelir. İrsî laktoz duyarlılığı bulunan bebekler anne sütündeki laktoza karşı duyarlıdır ve doğumdan itibaren sık olarak ishal ile karşılaşırlar. Bu bebeklerin laktoz içermeyen bebek mamaları ile beslenmesi gerekir.