IMSI yöntemi, sperm içindeki morfolojik yapının, yani görüntüsünün daha büyük büyütme sistemleriyle büyütülerek bakılması sonucu, genetik yapısının anlaşılabilmesini sağlayan bir yöntemdir. Normal ICSI işlemlerinde sperm, ancak mikroenjeksiyon işlemleri sırasında 200’e 400 kat büyütülürken, IMSI adı verilen özel bir mikroskop altında sperm 6 bin kez büyütülmektedir. Böylece içerisinde bulunan vakuoeller, nukleus yani spermi oluşturan genetik materyali taşıyan hücrelerin organelleri de görünebilmektedir. Bu sayede daha kaliteli ve genetik olarak daha düzgün spermler seçilebilmektedir. Normal ICSI yönteminde yapıldığında sperm sadece morfolojik olarak, yani şekil, kuyruk yapısı ve hareketliliği ile ayırt edilebilmekteydi. Oysa IMSI yönteminde, bu spermlerin içerisinde taşıdıkları nukleus ve vakuelleri görmek mümkün olmaktadır. IMSI, erkek infertilitesine bağlı, yani erkekten kaynaklanan bir çocuk sahibi olma sorunu yaşandığı koşullarda, sperm seçiminde büyük avantajlar sağlamaktadır. Spermin kalitesine bağlı olarak embriyo kalitesinin bozuk olduğunun düşünüldüğü hastalarda IMSI yöntemi kullanılmaktadır. Gebelik oranları açısından, ancak bu gruplar içerisinde bir karşılaştırma yapılmalıdır. Çok tekrarı olduğu halde gebelik elde edilememiş ya da iyi embriyo elde edilememiş çiftlere ya da nedeni açıklanamayan infertilite hastalarına da IMSI yöntemi tavsiye edilebilir. Tüp bebek tedavisinde kullanılan yöntemlerden bir taneside IMSI yöntemidir.