Normal yollarla doğan bebeklerle tüp bebekler arasında bir fark olup olmadığı çok araştırılmış olan bir konudur. Ancak bu araştırmalarda herhangi bir fark bulunamamıştır. Burada iki temel nokta vardır. Bunlardan ilki, bebeklerin genetik yapılarında bir farklılık olup olmadığıdır. İkincisi ise, bebeklerde doğuştan bir anomali olup olmadığıdır. Anomali açısından bir fark bulunamamış, minör anomali denilen bazı ufak anomalilere tüp bebeklerde daha fazla rastlanmıştır. Bunlar örneğin, hipospadias yani erkek bebeklerin pipilerinde eğrilik olması ya da çok az bir oranda kalp anomalileri riskinin artması gibi farklılıklardır. Genetik açıdan da bir farklılık söz konusu değildir. Sadece normal gebeliklere göre tüp bebeklerde çoğul gebelik riski daha fazladır. Bu nedenle, çoğul gebeliklerden kaynaklanan riskler daha fazla olduğu için, bu riskler sanki tüp bebeklerden kaynaklanıyormuş gibi görünür. Ancak bu riskler tamamen çoğul gebeliklere özgüdür.