Yeni doğan sünnetinin, daha büyük çocuklarda yapılan sünnetten bir farkı yoktur. Avantajı ise, daha hızlı iyileşmesi ve bebeğin stres çekmemesidir. Yanı sıra, daha sonra pipi derisinin darlığından kaynaklanan ve ileride ortaya çıkabilecek kimi rahatsızlıklar en baştan ekarte edilmiş olur. Bunların dışında yeni doğan bebeği sünnet etmekle, 5 ya da 10 yaşındaki çocuğu sünnet etmek arasında, risk açısından çok büyük bir fark yoktur. En büyük avantaj, yeni doğan sünnetinde anestezi yapılmamasıdır. Oysa daha büyük çocuklarda ise doktorların tercihi daha çok anestezi altında sünnet etmektir. Lokal anestezi yapanlar da olmakla birlikte, genellikle anestezi yapılır.

Sünnet olmanın en büyük riski, kanamadır. Yeni doğan sünneti sırasında damarlar bağlanır, kanama olmaması sağlanır ve anneye verilene kadar gözlemlenir. Ancak daha sonra ufak tefek kanamalar ya da dikiş atmayı gerektirecek kanamalar olabilir. Bu durum daha büyük çocuklar açısından da geçerlidir. Küçük bebeklerde kanama olma ihtimali biraz daha azdır. Çünkü büyük çocuklar ağrı da duymayacaklarından, oyun oynamak, arkadaşlarıyla boğuşmak gibi faaliyetlerde bulundukları için, yeni cerrahi işlem yapılmış pipi açısından sıkıntılı durumlar ortaya çıkabilir. Bu da kanamayı teşvik edebilir. Eskiden yeni doğan sünnetinden enfeksiyon riskinden korkulurdu. Ancak günümüzde bu risk neredeyse yoktur. Yine de bir antibiyotikli pomat yaklaşık bir hafta boyunca kullanılır.