Diş kistlerinin tedavisi, öncelikle cerrah tarafından yapılır. Her hastalıkta olduğu gibi, teşhis konulduktan sonra tedavisi çok kolaydır. Diş kistleri, hasta tarafından tedavisi mümkün olmayan, hiçbir ilaçla iyileşmeyen yapılardır.

Diş kisti vakalarında hastaya herhangi bir ilaç vermek ya da herhangi bir antibiyotik kullanımı, o diş kistinin ortadan kalkmasını sağlamaz. Diş kistleri ancak ve sadece cerrahi yollarla tedavi edilebilir. Cerrahi yollarla tedavi edilecek diş kistinin nasıl tedavi edileceğine ise sadece cerrah karar verebilir.

Öncelikle diş kistlerin teşhisi önemlidir. Bazen hiç röntgen çekilmeyen vakalarda bile diş kistleri teşhis edilebilir. Bunun yöntemi de, elle yapılan klinik muayenedir. Röntgen çekilmemiş ya da çekilemeyen bölgelerde hastanın herhangi bir şikayeti varsa, hekim kistin üzerine bastırarak ve tepkisine bakarak kist olup olmadığını anlayabilmelidir. İyi bir teşhis, tedavinin yarısıdır.

Bir enfeksiyon başlamışsa ya da varsa, öncelikle kistin iltihabi yapısını ortadan kaldırmak gerekir. İltihabın belirtileri şiş, ödem ve ağrıdır. Bu şiş ve ödemi kaldırmanın yöntemi ise antibiyotikler, ağrı kesiciler gibi ilaçlardır.