Bütün tedavi yöntemlerinde olduğu gibi, tüp bebek tedavisinde de bir takım risklerle karşılaşma ihtimali vardır. Genel olarak bakıldığı zaman, tüp bebek tedavisinin belli kısımlardan, belli etaplardan oluştuğu görülür. Bunun ilk etabı, yumurta geliştirmedir. Bu aşamada karşılaşılabilecek en büyük sorun, yumurta sayısında ya da rezervinde bir azlık olması durumunda yumurtanın gelişmeme ihtimalidir. Ya da beklenenin altında yumurta gelişmesidir. Tüp bebek tedavisinde ikinci etap, yumurta toplama aşamasıdır. Yumurta toplama aşamasında, ultrasonda görülen sayıda yumurta aspire edildiğinde, yani toplandığında, her zaman gereken sayıya ulaşamayabilmektedir. Yani tüp bebekte ikinci risk, yumurtalar toplandığı zaman, yeterli sayıda olmaması ya da düşük kalitede olmasıdır. Hatta bazı yumurtalar kullanılamayacak kadar düşük kalitede olabilir. Tüp bebek tedavisinin üçüncü etabı, embriyo transfer aşamasıdır. Bu aşamada elde edilen embriyolar arasında en kaliteli olanlar seçilerek anne karnına transfer edilir. Burada karşılaşılabilecek risk, gelişen embriyoların kalitesinin düşük olması ya da hiç gelişmemesidir. Bu durumlar söz konusu olduğunda, embriyo transferi gerçekleştirilemez. Tüp bebek tedavisinde karşılaşılabilecek risklerin başında, genellikle yumurta rezervi çok olan hastalarda görülen ovaryan hiperstimülasyon sendromu denilen ve kendini karın içinde hava birikmesi, bulantı, kusma, halsizlik şeklinde gösteren, çok sayıda yumurtanın gelişmesi durumudur. Ancak tecrübeli bir doktorun ellerinde bu risk asgari düzeye iner. Tüp bebek tedavisinin bir diğer önemli riski, çoğul gebeliklerin gerçekleşmesidir. Genellikle birden fazla embriyo transferi gerçekleştirildiği zaman bu risk büyür. Ancak mümkün olduğunda iki embriyodan fazla transfer yapılmaz. Çünkü önemli olan sadece hastanın gebe kalması değil, bu bebeği ya da bebekleri doğurabilmesidir. Artık çoğul gebelikler bir risk olarak kabul edilmektedir. Hatta yapılan tedavinin bir komplikasyonu olarak değerlendirilmektedir. Çoğul gebeliğin risk olarak kabul edilmesinin nedeni, gebelik sayısı arttıkça düşük oranlarının ve erken doğum oranlarının artması, düşük kilolu bebeklerin daha çok doğması ve daha çok sezaryen endikasyonu olmasıdır.