Ülseratif kolitin belirtileri birçok diğer sindirim problemine benzer, bu da teşhis konulmasını zorlaştırabilir. Tedavi durumun kötüleşmemesi için gerekli olduğundan zamanında teşhisin önemi büyüktür. Gastroenterologlar çok çeşitli testler yaparak hastanın şikayetinin tam olarak ne olduğunu anlayabilirler. Genellikle bunun için kolonoskopi ve biyopsi yöntemleri kullanılır.

Ülseratif kolit teşhisinin konulmasında kolonoskopi büyük rol oynar. Bu uygulamada doktor kalın bağırsağın içine bakar. Hastalık bu bölgede karakteristik belirtilere yol açmaktadır. Enflamasyon rektumda ya da kalın bağırsağın son bölgesinde başlayarak yukarı doğru yayılabilir. Enflame bölge kalın bağırsak duvarında, kırmızı ve şişmiş bir şekilde görünecektir. Ayrıca bu tabakada ülserler de oluşabilir. Test sırasında kolonun belirli kısımlarından biyopsi yani ufak doku örnekleri alınabilir ve laboratuvara test edilmek için gönderilebilir. 

Kolonoskopide ince, uzun ve esnek bir tüp makattan kolonun yukarısına doğru sokulur. Bu tüpün içindeki ışık sayesinde bağırsağın için görülebilir. Hastalar kolonoskopiye hazırlık için doktorlarından belirli direktifler alırlar. Genellikle müshil ve lavman kullanımıyla bağırsağın içi tamamen temizlenir ve görüntüleme bunun ardından yapılır. Hasta uyutulduğu için işlemi hissetmez ve hatırlamaz. Bazen teşhis için röntgen, baryum enema, sigmoidoskopi gibi diğer görüntüleme teknikleri de kullanılır.

Ülseratif kolit teşhisinin konulması sırasında kan testleri de yapılabilir. Bu testler teşhisin konulmasını tek başlarına sağlamazlar ancak belirtilerin vücudu nasıl etkilediğinde dair bilgi verirler. Özellikle kırmızı kan hücresi ve beyaz kan hücresi sayıları vücut hakkında genel bilgi almak için kullanışlı verilerdir. Örneğin ülseratif kolitin anemiye yol açıp açmadığı bu şekilde anlaşılabilir. Dışkı testi de bazen istenmektedir. İshalin ve kanlı ishalin diğer sebeplerini elemek için kullanışlı olabilir. 

Ülseratif kolit teşhisinin konulmasında hastalıkla aynı belirtilere sahip diğer şikayetlerin bulunmadığından emin olmak için bazı testler yapılabilir. Bu testlerle parazit enfeksiyonu, bakteriyel kolit, Crohn hastalığı gibi ihtimaller elenebilir. Parazit enfeksiyonları ağrıya ve dışkıda kana yol açabilirler. Bakteriyel kolitte kalın bağırsaktaki enflamasyona E.coli gibi bakteri türleri neden olmaktadır. Crohn hastalığı tıpkı ülseratif kolit gibi enflamatuar bağırsak hastalığının bir türü olsa da tedavisi farklıdır. İskemik kolit kalın bağırsağın bir kısmına kan akışının azalması sebebiyle oluşur ve acil tedavi gerektirir. Viral enfeksiyonlar ise ağrı, kusma ve ishal gibi belirtilere yol açsalar da çoğu kişide birkaç gün içinde geçerler.