Anne sütü, çocuğun bağışıklık sisteminin gelişmesinde çok önemli bir faktördür. Aslında anne sütünün içinde başlı başına bir bağışıklık sistemi vardır. Çünkü bağışıklık sistemi, pek çok komplike mekanizmadan oluşmaktadır. T hücreleri, B hücreleri, hafıza sistemi ve en sonu ön hatta yer alan asker hücreler olarak nitelenebilecek makrofajlar, nötrofiller vardır. Anne sütü bunların tümünü barındıran bir besindir. Yani anne sütü başlı başına bir savunmadır. İlk aylarında bağışıklık sistemi çok fazla gelişmemiş olan bebek için, bu çok önemli bir şeydir. Bebeğin bağışıklık sistemi, aslında hücreleri ve yeterince donanımı olmadığından değil, eğitimi olmadığı için normalden az çalışır.

Bağışıklığın ilk üç ay baskılandığı düşünülür. Bu yüzden bebeğin hem hastalıklara hem de enfekiyonlara karşı savaşmasında anne sütü çok önemlidir. Anne sütünün ayrıca yaşam boyunca bağışıklığı destekleyecek birçok özelliği vardır. İlk bir sene boyunca anne sütüyle beslenen bebeklerde hem kulak enfeksiyonlarının hem de başka pek çok enfeksiyonun daha az görüldüğü bilinmektedir. Anne sütü bağışıklığı sağlıklı olarak güçlendirir. Aynı zamanda bağışıklığın, vücudun kendi kendine çalıştığı otoimmün hastalıkları ve alerjik hastalıkları azaltır. Anne sütü bağışıklık sistemi açısından paha biçilemez bir değere sahiptir.