Doğum lekesinin nedenleri bilinmemektedir. Ancak genetik olgular olmadıkları bilinmektedir. Damarsal yapıda ve pigment yapıda doğum lekeleri olmak üzere iki tür doğum lekesi vardır. Pigment yapıdaki doğum lekeleri, ciltteki renk farklılığı biçiminde görülür. Damarsal doğum lekelerine ise, hemanjiyomlar örnek verilebilir. Bunlar, normalde ciltte bulunmaması gereken damarsal yumakçıklardır. Bir de halk arasında leylek ısırığı denilen ve daha yüzeysel olan, daha çok bebeğin alnında ve ensesinde görülen ve genellikle geçici olan lekeler vardır. Pigment, yani ciltteki renk değişikliğinin bir örneği mongol lekesidir. Bebeklerin sırtlarında ve bel bölgelerinde mavimsi renkte lekeler olabilir. Daha sık esmer tenli bebeklerde görülür ve genellikle büyüdükçe kaybolurlar. Bu lekelerin mongolizmle hiçbir ilgisi yoktur ve tedavi edilmesi gerekmez. Diğer lekeler ise, cafe au lait leke denilen ve küçük, noktasal, oval biçimli ve kahverengi renkli lekelerdir. Bir iki tane olması durumunda çok önemli değildir. Ama büyük ve sayıca fazla oldukları zaman, bir doktor tarafından değerlendirilmeleri gerekir.