Kafein karaciğerde özümsenir ve kafeinin vücuttan temizlenme süresi kişinin karaciğer işlevine bağlıdır. Maddenin yarı ömrü 5 saat sürer. Bir dozun yarısının özümsenmesi 5 saat, kalanın yarısının özümsenmesi de 5 saat sürer.  Yani 24 saat sonra, vücutta bu maddenin %5’inden daha azı kalır.

Vücudun kafein eksikliğini ne kadar hızlı hissettiği, yoksunluk belirtilerinin ne zaman ortaya çıkacağını büyük ölçüde belirler. Kişinin toleransı yoksunluk belirtilerinin şiddetine bağlıdır.

Tolerans

Bir hafta boyu sürekli kullanım sonunda vücut kendi yapısını değiştirir ve kafeinin etkileşime girdiği reseptörler sayıyla işlev bakımından değişir. Öyle ki, eskiden küçük dozlarda hissedilen kafeinin etkisi artık hissedilmez olur. Maddenin ilk kullanımında görülen hızlı sinirsel enerji toleransın meydana gelmesiyle kaybolur.

Denklemin diğer tarafında, kafein beslenmeden çıkarıldığı zaman aynı vücutsal değişimler tersinden gerçekleşir. Genel bir kural olarak, yoksunluk belirtilerinin ortadan kalkması, bir berelenmenin iyileşmesi kadar sürer. Nasıl bir berelenmenin iyileşmesi ve dokunun yenilenmesi için vakit gerekirse, tolerans seviyesinin eski haline gelmesi de hücrelerde fiziksel değişimlerle mümkün olur.

Yoksunluk

Kafein yoksunluğuyla ilişkili en yaygın belirti baş ağrısıdır. Kafeinin vazokonstrüktif etkisinden dolayı (kan damarlarının daralması) kullanımı sona erdirmek beyinde tansiyon yükselmesi anlamına gelir ki bu baş ağrısına (ve nadiren mide bulantısına) neden olur.

Başka bir yaygın şikayet enerji ve dikkat kaybıdır. Yorgunluğun geçici olduğunu bilerek buna katlanmak genellikle sorunu çözer. Uyku düzeni de etkilenerek bu belirtiyi azdırabilir.

Ruh halleri değişimleri ortaya çıkabilir, kişi huzursuz, gergin, hatta biraz depresif olabilir. Yine bu belirtilerin kısa ömürlü olduğunu bilmek tedavi yoluna devam etmek için genellikle yeterlidir.

Eğer herhangi bir belirti katlanılamayacak kadar şiddetli olursa küçük bir doz kafein (60 -80 mg) yoksunluk dönemini bir iki günden daha fazla uzatmadan rahatlama getirebilir.