Tüp bebek tedavisi sürecinde hastaların en korktukları aşama, yumurta toplama aşamasıdır. Oysa yumurta toplama aşaması, tedavinin en can alıcı kısmı olmakla birlikte, aynı zamanda en basit kısmıdır. Bu işlem genel anestezi altında uygulandığı için, hastalar açısından da konforlu bir yöntemdir. Ultrason eşliğinde bir iğne aracılığıyla yumurtalıkta bulunan ve folikül denilen her bir yumurta kistinin içine girilerek aspire edilir. Yani toplanır. Bu yumurtalar daha sonra laboratuara yollanarak, çekilen sıvının içinde yumurta olup olmadığına bakılır. Yumurta toplama işlemi yumurta sayısına bağlı olarak uzayabilse de, ortalama olarak 10-15 dakika sürmektedir. Bu işlem günübirlik bir işlemdir. Yumurta toplanan hasta, yumurtası toplandıktan bir buçuk iki saat sonra evine gidebilir ve normal hayatını sürdürebilir duruma gelir. Yani yumurta toplama işlemi, ciddi bir operasyon değildir.