Kahvaltıların vazgeçilmez öğesi peynirin, kemikleri oluşturan kalsiyum da dahil olmak üzere sağlığımıza birçok faydası var. Fakat pizza ya da krakerlerdeki hali, peynirin tüm sağlık faydalarını yok eder. Her şeyin ötesinde peynir, yüksek kalori (ortalama 30 gramında yaklaşık 100 kalori) ,yağ (çoğu doymuş yağ olup 30 gramının 6 ile 9 gramı yağdır) ve çoğu zaman önemli miktarda sodyum içerir. Yine de az miktarda olmak kaydıyla peynir çoğu kişinin beslenmesinde yer alabilir.

Son zamanlarda bazı araştırmacılar ve pazarlamacılar peynirin sağlıklı olabilecek yanlarını vurguluyorlar. Ama genelde araştırmalar ya yetersiz ya da tutarsız.

• Kalsiyum, ve diğer vitaminleri almak için mi?. Tüm süt ürünleri gibi peynir de vücut için kalsiyum ve protein kadar A vitamini, B-12, riboflavin, çinko ve fosfor sağlar. Ayrıca, kanser önleyici, kilo verdirici ve kalp dostu etkileri olabilen bir yağ olan konjüge linoleik asit kaynağıdır. Fakat faydalı olabilecek miktarda konjüge linoleik asit almak için çok miktarda peynir yemeniz gerekir ki bu da çok miktarda sağlıksız doymuş yağ ve kalori almanız demektir. Az yağlı peynirler daha az konjüge linoleik asit içerir; yağsız peynir ise hiç içermez.
• Çürüğe dirençli olmak için mi? Hiçbir şey diş fırçanızın yerini tutmaz, ama peynir çürükleri önlemeye yardımcı olabilir. Geçtiğimiz yıl Türkiye'de yapılan küçük çaplı bir çalışmada, şekerli bir çözelti ile çalkaladıktan sonra sadece 10 gram peynir yiyen kişilerde çürük riskini azaltacak şekilde asit derecesinde hızlı bir düşüş oldu. Daha eski çalışmalar da peynirin benzer bir koruyucu ve  asit-önleyici etkisini ortaya koymuşlardı.
• Kilo vermek için mi? Peynir de dahil süt ürünlerinin kilo kontrolünde yardımı olup olmadığı konusu tartışmalıdır. Yapılan yeni bir çalışma, peynir ve diğer süt ürünlerinin diyet sırasında kilo almayı önlemeye yardımcı olabileceğini ileri sürerken diğer bir çalışma ise düzenli peynir yiyenlerin daha az peynir yiyenlerden zaman içinde daha az kilo aldıklarını ortaya koydu. Fakat 2008'de John Hopkins'in yaptığı da dahil diğer çalışmalar daha fazla peynir yiyen kişilerin daha aşırı kilolu olmaya eğilimleri olduğunu ortaya koydu.
• Kanserle bağlantılı mı? Peynirin iyi veya kötü kanser riski üzerinde bir etkisinin olup olmadığı da tartışmalıdır. Birkaç yıl önce yapılan geniş çaplı bir İsveç araştırması peynir (günde en az 60 gram) ile kadınlarda düşük kolorektal kanser riski arasında bir bağlantı buldu. Diğer çalışmalar ise böyle bir faydayı tespit edemedi. Hatta birkaçı, diğerlerinin böylesi bir bağlantıyı bulmamasına rağmen, peynirin de içinde olduğu süt ürünlerini prostat ve yumurtalık kanseri riskini arttırması ile ilişkilendirdi.
• Kalp hastalığı mı? Peynir özellikle kalbiniz için iyi olmayabilir, fakat bazı araştırmalar en azından sağlıklı bir beslenmenin bir parçası olduğu sürece peynirin o kadar da kötü olmadığını ileri sürüyor. Aslında kardiyovasküler hastalık riskinin az olması gibi sağlığa yararlı birçok faydası olan Akdeniz tipi beslenme ölçülü miktarda peynire izin verir. Peynirin de içinde olduğu süt ürünleri yüksek tansiyonu önleyici DASH diyetinin önemli bir bileşenidir.

Yemeklere tat veren peynirden, beslenmeniz çok fazla doymuş yağ içermediği sürece kalorisini hesaplayarak günde 30 gram veya 60 gram tüketmek makuldür. Paketlenmiş peynirlerin üzerinde yazan kalori ve yağ oranlarına dikkat edin. Bütün peynirler yüksek miktarda kalori ve yağ içerir; ama bazıları diğerlerinden daha çok içerir.