Endometriyozisin kesin nedeni bilinmemekle beraber olası açıklamalar şunlardır:

• Bağışıklık sistemi normalde, rahmin dışındaki endometrial hücreleri yok eder. Ancak endometriyozisi olan kadınların bağışıklık sisteminde, bu seyri bozabilen bir sorun olabilir.
• Menstrüal kanamanın (endometrial hücreler içerir) fallop tüpleri ile karına akması (geriye doğru menstrüasyon). Bu durum çoğu kadında görülebilir. Ancak adet kanamanız yoğunsa ve rahminizde, rahim ağzınızda veya vajinanızda menstrüal akışı engelleyebilecek ya da yavaşlatabilecek doğuştan gelen yapısal bir anormallik varsa, durum daha da kötüleşebilir.
• Endometrial hücreler, kan ve lenf sıvısı dolaşımı yoluyla vücudun diğer bölgelerine taşınmış olabilir.
• Endometrial hücreler, epizyotomi ve sezaryen gibi bir ameliyat esnasında ya da doğum sırasında vücutta başka bir alana taşınabilir.
• Karın ya da pelvisteki üremeyle yakından ilişkili hücreler, endometrial hücrelere dönüşebilir.
• Endometrial hücreler, doğumdan önce rahmin dışında birikebilir.
• Endometriyozis gelişme eğilimi, aileden (genetik neden) geliyor olabilir.