Enfeksiyon, insanlarda ev sahibi organizmaya zarara yol açan bakteriler gibi yabancı hücrelerin istilasından kaynaklanır. Genelde ev sahibi organizma ona ait olmayan hücreler tarafından “kolonize edilmiş” olarak kabul edilir. Bu yabancı hücreler, kolonizasyonun bir enfeksiyon olarak düşünülmesi için ev sahibi organizmaya zararlı olabilir.

Yaşayan yaratıkların başka hücreler tarafından kolonize edilmekten yararlandığı birçok durum vardır. İki ayrı organizma birbirleriyle simbiyotik bir ilişki yaşayabilir, hiçbir organizma zarar görmez. Bir hücre (veya parazit) kolonisinin ev sahibi organizmaya etkisi olmayabilir ama koloni faydalanabilir. Örneğin, staf ve strep bakterileri genelde insan cildinde ve birçok memeli hayvanda bulunur. Bakteriler bir kişiyi veya hayvanı hasta etmedikçe bir enfeksiyon değildir.

Çeşitli ajanlar enfeksiyona yol açabilir. Sadece bakteriler değil virüsler, parazitler ve mantarlar da ev sahibi organizmada sorunlara yol açabilir. Bazen bu ev sahibi olmayan hücreler aslında enfeksiyonun oluşmasını önlemek için işbirliği yapabilir. Örneğin, strep boğazınız varsa genelde antibiyotik verilir. Bu, strep hücreleri öldürmede harikadır. Sorun şu ki insanların vücudunda maya adı verilen belli miktarda mantar hücresi de vardır.

Her zamanki cilt bakterileri ve mayalar birlikte var olduğunda insanlar için bir sorun ihtiva etmezler. İnsan vücuduyla savaşmak yerine birbirleriyle savaşırlar, o yüzden her koloninin düzeyleri dengeli kalır. Karışıma birden antibiyotik katıldığında enfeksiyona neden olan bakterilerin yanı sıra maya düzeylerini kontrol altında tutan iyi bakterileri öldürebilirsiniz. Bu, mantar veya maya enfeksiyonuyla sonuçlanabilir çünkü kolonilerin dengesi bozulmuştur. Antibiyotikler mide bulantısı veya ishalle de sonuçlanabilir çünkü yararlı bakteriler de sindirim yolunda yaşar ve antibiyotiklerce öldürülebilir.

Yabancı bir koloni aniden giriş yaptığında başka enfeksiyon türleri ortaya çıkabilir. İçme suyunun yüksek düzeyde parazit içerdiği ülkelere seyahat eden kişiler, vücutlarına yeni parazitler alabilirler. Seyahat ishali vücudun parazit veya bakteri ajanlarını almasından kaynaklanabilir. Tenya gibi parazit ajanlar vücutta gelişerek insanlara yavaş yavaş zarar verebilir. Buna parazit enfeksiyonu denilir.

Bazen başka organizmaların ilk kolonizasyonu ev sahibine çok az zarar verir. Tenya insanlarda hiçbir belirtiye neden olmadan yıllarca yaşayabilir. Ama sonuçta, tenyalar zarar verir, o yüzden keşfedildiklerinde kişiler genelde özel kurt öldürücü ilaçlar alır, böylece tenyaların enfeksiyonu ortadan kaldırılır.

Çoğu vakada, enfeksiyonu anlamanın anahtarı “ev sahibine zarardır”. İster zarar halihazırda koloniden kaynaklansın ister kolonizasyon nihai bir sebep olsun, enfeksiyon genelde tıbbi ilgi gerektirir. Bunun tek istisnası, insanların geçici virüs kolonileri tarafından kolonize edildiği durumlarda meydana gelir. Genelde, sağlıklı insanlarda, vücut soğuk algınlığı gibi enfeksiyonla savaşmak için çalışır ve sık sık başarılı olur. HIV gibi birkaç virüsle vücut başarılı biçimde savaşamaz ve virüsün belirgin zarara neden olmasını önlemek veya ertelemek için büyük dozlarda antiviral ilaçlar gerekir. Batı Nil Virüsü ve Ebola Virüsü gibi bazı virüsler tedaviye direnir. Ebola virüs enfeksiyonu neredeyse her zaman ölümcüldür.