Multivitaminler genelde günlük rutine olumlu bir ilave olarak düşünülse de bazı yan etkiler meydana gelebilir. Multivitaminlerin en yaygın yan etkileri arasında genelde bulantı, kabızlık ve ishal bulunur. Bazı kişiler alerjik reaksiyon da yaşayabilirler; bunun başlıca özellikleri genelde nefes darlığı, ürtiker, kaşıntı ve yüz, dudak veya dil şişmesidir. Multivitaminlerde bulunan bazı minerallerin safta taşları, kalp tıkanması, böbrek taşları ve organ yetmezliği gibi daha da şiddetli yan etkileri vardır.

Multivitamilerin bazı yan etkileri geçicidir ve vücut vitamine uyum sağladığında zamanla geçer. Örneğin, bazı kişiler ilk multivitamin aldıklarında bulantı, kabızlık veya ishal yaşarlar. Bir örnek, demir içeren multivitaminlerin dışkıların renginin değişmesine yol açmasıdır. Multivitaminlerin bu yan etkileri, onları günlük rutine ekledikten bir süre sonra yok olmadıkça genelde kullanıcıların kullanımı bırakmasını gerektirmez.

Multivitaminlerin normal sayılmayan daha ciddi yan etkileri vardır ve vitamin kullanımı bırakıldıktan sonra hemen doktora bildirilmelidir. Çoğu vitaminin kazara doz aşımıyla ilişkilidir, çoğu kişi doğru dozu bilmediği veya çok fazla vitamin diye bir şey olmadığını düşündüğü için biraz yaygındır. Örneğin, kalsiyum doz aşımı, kabızlık ve bulantı gibi tipik multivitamin yan etkileriyle birlikte safra taşlarına, böbrek taşlarına ve kalp sorunlarına yol açabilir. Aşırı potasyum kalpte tıkanmaya yol açabilir ve bunlar bir kerede çok fazla alındığında genelde tıbbi sorunlara yol açan minerallerden sadece birkaçıdır.

Bazı kişiler multivitaminlerinde bulunan belli minerallere alerjik olduklarını keşfedebilirler. Bu, nefes darlığı veya göğüs daralması özel belirtiler meydana gelene kadar açık olmayabilir. Multivitaminlerin bu endişe verici yan etkileri oldukça ciddi olsa da o kadar belirgin olmayan reaksiyonlar da meydana gelebilir. Ürtiker, kaşınma ve cilt döküntüsünün yanı sıra ağızda, dilde ve dudaklarda şişme bir multivitamine alerji işaretleridir. Maalesef, multivitamin aldığınızda hangi mineralin alerjiye neden olduğunu anlamak zor olabilir çünkü her takviyede epeyce vardır.