Gıda intoleransı da, insan vücudunda besin alerjileri gibi bağışıklık sistemiyle ilişkili sorunlar yaratır. Ancak besin intoleransı ile besin alerjisinin ayrılan kimi yönleri vardır. Besin alerjileri, besin tüketildiği anda hemen bir reaksiyona neden olur. Vücutta döküntü, kaşıntı ve anafilatik şoka varabilecek ciddi reaksiyonlar görülür.

Gıda intoleransı ise vücuttaki enzim eksikliklerinden kaynaklanan bir durumdur. Bu eksikliğe bağlı olarak vücut gıdaları sindiremez ve bunlar vücutta daha geç tepkilere yol açar. Yani bu reaksiyon 3 saat, 5 saat sonra görülebileceği gibi, bir gün sonra da görülebilir ve bazı kronik hastalıklara neden olabilir.

Besin intoleransı ile besin alerjisi birbirine sıkça karıştırılan durumlardır. Oysa bunlar çok farklı rahatsızlıklardır. Birisi tamamen vücutta immünglobulin E antikorlarının artması, diğeri ise immünglobulin G antikorlarının artması sonucu meydana gelir. Yani vücuttaki farklı mekanizmalardan kaynaklanırlar.  Dolayısıyla farklı reaksiyonlara yol açarlar.