Tüp bebek tedavisinde bir takım sorunlarla karşılaşma ihtimali vardır. Tedavi tüm aşamalarıyla birlikte düşünüldüğünde, yumurta büyütmekle başlayıp en son embriyo transferiyle biten bir süreçtir. Bu süre içerisinde kimi problemlerle karşılaşılabilir. Bu risklerden ilki, yumurta gelişme sürecinde yeterli yanıtın alınamaması, yani yeterli sayıda yumurtanın gelişmemesi, beklenenden az sayıda yumurtanın gelişmesi ya da hiç yumurtanın gelişmemesidir. Yumurta toplama aşamasında oluşan foliküllerin (yumurtaların geliştiği kistler) aspire edilmesi halinde, içinden yumurta çıkmaması, ya da oluşan embriyoların kalitesinin düşük olması, hatta bazı embriyoların transfer edilemeyecek kadar düşük kalitede olması, karşılaşılabilecek belli başlı sorunlardır. Bir tüp bebek tedavisine başlamak, her zaman bitirmek anlamına gelmez. Eğer tüp bebek tedavisi aşamalarının herhangi birinde bir sorunla karşılaşılırsa, tedavi ertelenmektedir. Çünkü bir sonraki ay ya da birkaç ay sonra daha iyi yanıt alınabilir ve bu aşamalar daha rahat geçilebilir. Tüp bebek tedavisi sırasında karşılaşılabilen sorunlardan biri de, yumurta rezervi çok olan genç hastalarda görülen karın içinde sıvı birikmesi, bulantı, kusma ve tansiyonda düşme gibi bulgularla ortaya çıkan ve ovaryan hiperstimülasyon denilen sendromdur. Aslında bu sendrom, engellenebilir bir sendromdur. Tecrübeli doktorların kontrolü altında yapılan tedavilerde de kolay karşılaşılabilen bir durum değildir.