Kabak çekirdeği önemli besin maddelerinden bol miktarda içerir ve tıbbi faydaları uzun yıllardır bilinmektedir. Parazitlerle savaşmak, tansiyonu düşürmek ve kan şekeri seviyesini kontrol altında tutmak için kullanılır. Fakat kabak çekirdeği hakkında her şey %100 sağlıklı değildir. Çekirdekler ve çekirdek özleri alerjik reaksiyona sebep olabilir ve zararlı olabilecek bazı maddeler içerir.

Kabak çekirdeği özleri ciddi bir zehirlenme vakasına sebep olmamıştır ancak çekirdek ve kabuğu vücudun bazı maddeleri emmesine engel olan içeriğe sahiptir. Bunların arasında kalsiyum emilimini engelleyebilen oksalatlar, sindirilemeyen lifler olan ve midede veya bağırsaklarda birikebilen taninler ve zehirli kimyasal siyanür yer alır. Ancak meyve ve sebzelerin yenilebilir porsiyonlarında yer alan siyanür miktarı çok düşüktür.

Kabak alerjik reaksiyona yol açabilir. Özellikle salatalığa veya karpuza alerjikseniz dikkat etmelisiniz. Belirtiler arasında ishal, mide bulantısı, deri kaşıntısı ve oral alerji sendromu bulunur. Oral alerji sendromunda reaksiyona sebep olan gıdalar yenildikten sonra ağızda kaşıntı olur. Kabak çekirdeğine şiddetli alerjik reaksiyon, yani anafilaksi ölümcül olabilir. Bunun belirtileri arasında hızlı nabız, şok, tansiyonda hızlı düşüş, hava kanallarının daralması, boğazda şişme, nefes almada güçlük, baş dönmesi  ve bilinç kaybı yer alır.

Tam, tuzlanmış kabak çekirdeklerinin sodyum oranı yüksektir. 30 gramında 720 mg sodyum bulunur. Bu günlük sodyum ihtiyacının neredeyse yarısıdır. Tuzlanmamış çekirdekler seçilerek alınan sodyum miktarı düşürülebilir. 30 gram kabak çekirdeği 186 kaloridir, 5.26 gram protein ve 15.24 gram karbonhidrat içerir. Fosfor ve magnezyum için de iyi bir kaynaktır.

Kabak çekirdeklerinin ilaçlar veya diğer takviyelerle rapor edilmiş bir kontraendikasyonu yoktur ancak hamilelerin yemesini güvenli kılacak yeterince bilgi olmadığı düşünülmektedir.